Türkiye ile Yunanistan arasındaki sorunlar, Yunan Hükûmeti’nin iç politikasının önemli bir malzemesi ve aynı zamanda Avrupa’ya karşı da en büyük silahı olduğundan çözümsüzlük üzerine inşa edilmiştir. Sorunların çözüm yolları bulunmasına rağmen Yunanistan’ın Türk fobisini kullanmak istemesi nedeniyle kalıcı bir çözüme kavuşmamış, Yunanistan, Türkiye ile ilişkilerini güvensizlik üzerine inşa etmiştir. İki tarafın da NATO üyesi olması sıcak savaş tehlikesini ortadan kaldırsa da bölge istikrarsızlaştırılmaya müsait bir yapıdadır.
Yunanistan ile Türkiye arasındaki başlıca sorunlar şunlardır:
Ege Adaları
Türk ve Yunanlılar arasındaki en önemli sorun 1970’lerden itibaren başlayan Ege sorunudur. Türkiye’nin çevresi Yunan Adaları ile kuşatılmış durumdadır ve bu Türkiye için ciddi bir güvenlik zafiyeti taşımaktadır. Ayrıca, Yunanistan’ın Lozan Antlaşmasına aykırı olarak bu adaları silahlandırması Türkiye’ye yönelik bir art niyet göstergesidir.
Yunanistan’ın 1974’lü yıllarda kara sularını 6 milden 12 mile çıkarmak istemesini Türkiye savaş sebebi sayacağını (casus belli) açıklamıştır. Yunanistan’ın Ege kara sularını 12 mile çıkartması durumunda Türkiye’nin açık denize çıkışı engelleneceği gibi Ege’yi bir Yunan denizi hâline getirmiş olacaktır.
Kıta Sahanlığı
Yunanistan, 1961’den itibaren Ege’de petrol aramaya ve sondaj yapmaya başlayınca Türkiye’de kıta sahanlığını gerekçe göstererek Türkiye Petrolleri Anonim Ortaklığına (TPAO) petrol arama ve sondaj yapma iznini verdi.
Bu sorun Türkiye ile Yunanistan’ı karşı karşıya getirmiş olsa da bir savaşa dönüşmedi. 1976’da İsviçre’nin Bern şehrinde yapılan görüşme ile iki ülkenin müzakereler sürecinde Ege'de hiçbir faaliyette bulunmayacakları kararlaştırıldı. Bu sorun günümüzde halen devam etmektedir.
Kıta Sahanlığı:
Ülkeyi oluşturan kara parçasının deniz altındaki uzantısı olup, kıtanın bitip denizin başladığı çizgidir. Deniz kıyısından 200 metre derinliğe kadar uzanır.
FIR Hattı Sorunu
Türk–Yunan ilişkilerindeki diğer bir sorun da hava sahası konusudur. Bu konunun iki unsuru bulunmaktadır:
1. Yunanistan’ın Ege adaları üzerindeki millî hava sahasının yüksekliği,
2. FIR (Flight İnformation Region) denen, uçakların Ege üzerinde uçarken hangi kontrol kulesine bağlı olacakları ve uçuş bilgilerini nereye (Atina’ya mı? İstanbul’a mı?) verecekleri meselesidir.
1952’de Milletlerarası Sivil Havacılık Teşkilatının (ICAO), Ege’deki FIR sorumluluğunu Yunanistan’a verdi fakat Yunanistan’ın zamanla bu konuyu bir egemenlik hakkı hâline getirmesi ve 1974 Kıbrıs Barış Harekâtında FIR hattının Türkiye’nin güvenliğini ciddi bir şekilde tehdit ettiğinin görülmesi üzerine, Türkiye yayımladığı NOTAM (Notice to Airman (Havacılara ilan)) ile Ege hava sahasını kuzey-güney yönünden bir çizgi ile ikiye ayırdı. Bu durum Türkiye’yi sürpriz bir hava baskınından kurtarmış olacaktı. Buna karşılık Yunanistan bölgeyi tehlikeli bölge ilan ederek sivil ve askerî uçuşlara kapattı. 1980 yılında Türkiye NOTAM’ı geri çekmesi üzerine bölge tekrar sivil ve askerî hava trafiğine açılmış oldu.
Batı Trakya Türkleri Sorunu
Balkan Savaşı’nı kaybeden Osmanlı Devleti 1913 Londra Antlaşması ile Midye- Enez hattının dışındaki tüm toprakları Balkan uluslarına terk etti. Bu sınır, Lozan’da da kabul edildiğinden yeni kurulan Türk Devleti’nin önüne Balkan Türkleri sorununu getirdi. Balkan uluslarının bu Türk azınlığına karşı çeşitli baskılar uygulamaları, asimile politikaları veya Türkiye’ye göçe zorlaması, Kıbrıs sorunu nedeniyle daha da yoğunlaştı.
Yunanistan’ın bölgedeki Türklerin mal varlıklarına el koymaya çalışması, Türkçe yer isimlerini Yunanca ile değiştirmesi, devlet memuru olmak için Hristiyan olma şartını anayasaya koyması ve çeşitli dinî-millî baskılar izlemesi Türkiye ile Yunanistan arasındaki ilişkileri gerginleştirdi.
