Aslında Piri Reis'in yaptığı denizcilik açısından doğru hareketti. Donanmayı Basra'da bırakması demek, Basra'yı kapatan Portekizlerin onu imha etmesi demekti. Bundan kurtulmanın yolu açık denize çıkmaktı. Zaman dar olduğundan ancak üç gemiyle çıkabildi. Askerler karaya çıkacağı için sorun olmayacaktı. Onun açık denize çıkması Portekizleri korkuttuğundan ve yapacakları kuşatmayı da boşa çıkaracağından vaz geçtiler. Ayrıca Basra körfezini kapattıkları takdirde dışarı çıkan Piri Reis gemilerince kuşatılabilir, içerdeki gemiler de saldırarak iki ateş arasında bırakabilirdi. Sıkıntı, denizcilik ile ilgili kararları verenlerin denizciliği bilmemesi ve Başkentteki yöneticilerin de olayı uzmanlarından sormak yerine bölgedeki valilerin husumet kokan raporlarına göre karar vermesiydi. En azından bir savunması bile alınabilirdi.
Daha sonra yerine getirilen Murat Reis'e de Basra körfezini terk etmemesi emri verildi. O da bir ara emri dinlemeyerek Basra'dan ayrılarak Hürmüz civarında Portekiz donanmasıyla savaştı fakat düşmanın üstünlüğü sayesinde başarılı olamayarak Basra körfezine döndü. Emri dinlemediği için o da görevinden azledildi fakat Piri Reis gibi idam edilmedi. Böylece artık hiçbir kaptan Basra körfezinden çıkmaya cesaret edemedi. Donanmamız artık Basra körfezinde mahsur kalmış ve Hint Okyanusu Portekizlere terk edilmiş oldu.
Daha sonra Süveyş kaptanlığına Seydi Ali reis getirildi ve ondan Basra Körfezindeki donanmayı Süveyş'e getirmesi istendi. Basra körfezinden çıkan Seydi Ali reis Umman sahillerinde Portekiz donanması ile karşılaştı ve burada onlarla çarpıştı. Gece olunca Portekiz filosu kaçtı.
Fakat daha sonra Maskat limanına yaklaştığı bir sırada 32 kadırgadan oluşan Portekiz donanması ile karşılaştı. Açık denizde Portekiz donanması ile savaşamayacağını anlayan Seydi Ali reis donanmasını kıyıya yakın sıralayarak akşama kadar savaştı. Türk donanması önce İran daha sonra Belucistan sahiline düştü. Buradan da Güvader limanına geldi. Buradaki Müslüman hükümdarın desteğini alıp tekrar Arabistan yarımadasına yönelen Seydi Ali reis burada büyük bir fırtınaya yakalandı. Fırtana Osmanlı donanmasını Hindistan sahillerine attı. Deniz üzerinde günlerce süren mücadele sonucu Hindistan'daki Gücerat tarafına gelindi ama artık donanmada savaşacak kudret kalmamıştı.
Seydi Ali Reis karaya çıktı. Burada kendisini karşılayan Gücerat Sultanın valisinin yardımını aldı. Gemilerdeki topları onlara vererek askerleriyle kara yoluyla İstanbul'a geldi. Bu yolculuk güzergahı Sin, Hind, Zabulistan, Bedahşan, Maveraünnehir, Harezm, Horasan, İran üzerinden gerçekleşti. Toplam üç yıl sürdü. Seydi Ali reis bu yaşadıklarını daha sonra kitaplaştırdı. Kitabın adı Mir'atul Memalik'tir. Bunu Sultan Süleyman'a sundu.
Seydi Ali Reis ortalıktan kaybolduğundan yerine Suveyş Kaptanlığına Kurdoğlu Hızır Reis getirildi. O da burada Portekizlerle savaştı. Hint okyanusundaki adaları, Sumatra adasını aldı ve Malaka boğazına kadar gitti. Bu arada Endonezya da Portekiz saldıralarına karşı Osmanlı Devletine bağlılığını bildirdi. Endonezya (Açe) Müslüman Devleti elçisi Osmanlılardan Portekizlere karşı savaşmak için top, tüfek ve teknik askeri heyet desteğini istedi. Bunun üzerine Süveyş Kaptanı Kurdoğulu Hızır Reis 2 kadırga ile istenilen malzemeler ve top döküm ustalarını kapsayan bir yardım filosunu gönderdi. Bu askerler ve teknik heyet Açe'ye yerleşerek onların ordusunun güçlenmesine ve yıllarca sömürgecilere karşı mücadele etmelerine neden olmuştur.
